Bang Khun Thian là một quận cổ, được lập năm 1867 làm một amphoe của Thon Buri.

Năm 1972, các tỉnh Thon Buri và Phra Nakhon được hợp nhất để tạo thành vùng đô thị Bangkok và các đơn vị hành chính mới đã được đổi từ amphoe và tambon sang quận (khet) và phó quận (khwaeng). Do đó, Bang Khun Thian trở thành một quận của Bangkok, bao gồm 7 phó quận: Bang Khun Thian, Bang Kho, Chom Thong, Bang Mot, Tha Kham, Bang Bon, và Samae Dam.

Do dân số tăng, một phần của quận Bang Khun Thian được tách ra riêng với tên Nhánh Bang Khun Thian số 1. Đơn vị mới này có 4 phó quận: Bang Khun Thian, Bang Kho, Bang Mot và Chom Thong.

Năm 1989, Nhánh Bang Khun Thian số 1 được nâng thành một quận, gọi là quận Chom Thong.

Năm 1997, phó quận Bang Bon được tách ra khỏi Bang Khun Thian và trở thành một quận.